（樣品準備）將樣品菌液取出后，以 10,000 x g 離心5分鐘，加入預先準備的稀釋染液,

　

（染色原理）而稀釋染液的備制是先將染劑套組內的兩種核酸染劑，利用兩染劑對細胞膜的穿透能力不同來區分活菌或死菌，其中SYTO 9能穿透完整或受傷的細胞膜進行核酸的標記 ，而propidium iodide 僅能穿透受傷的細胞膜，且會與SYTO 9競爭核酸標記的位置，

　

（染色結果）使死菌或受傷的菌體染成螢光紅色；活菌則呈現螢光綠色。

　

（染色步驟）將SYTO 9 和 propidium iodide 做等倍體積混合，再取 3 μl 混合染劑至1ml以0.2 μm濾膜過濾之無菌的 0.5% NaCl 鹽水溶液稀釋。當菌體在黑暗操作染色處理30分鐘后，

　

（觀察計數）取菌液置于細菌記數器玻片上，至少取五個以上視野使用螢光顯微鏡觀察照相，細菌記數器玻片深度為0.02 mm乘上一視野的表面積求得菌液的體積，再換算計數成每毫升菌液中的總活菌數目